Одним з найзагадковіших приміщень собору Святого Юра у Львові є його крипта. Вона знаходиться під вівтарем, де найнижче залягає скеля. Крипта — це невелике підземелля, яке має розміри 8,4 х 8,3 м. У плані це приміщення квадратної форми, перекрите бочкоподібними хрестовими склепіннями, які підсилені арками з опорою на центральний стовп. Висота приміщення від скельної основи сягала понад 3 метри. У кладці стін використано природний камінь.
З часу свого закладення крипта відігравала роль усипальниці львівських архиєреїв, священиків, монахів Святоюрського монастиря та світських осіб, які здобули заслуги перед Богом та Церквою. Поховання здійснювалися в крипті з часу її побудови й припинилися наприкінці XVIII ст., коли декретом від 11 грудня 1783 р. Австрійський імператор Йосиф II, з огляду на небезпеку виникнення епідемій заборонив проводити поховання в церквах та довкола них, вимагаючи закладати нові цвинтарі.
Відтоді більше як століття, у крипті не проводили нових поховань З плином часу втрачено пам’ять про людей, чиї тіла покоїлись у підземеллі собору.
Щойно в 1898 р, за окремим дозволом цісаря, у крипті захоронено тлінні останки митрополита Сильвестра Сембратовича. Тоді ж відбулися перші впорядкування крипти. Із замурованої ніші труну Никифора Шептицького (помер 1776 року) перенесено до кістниці. На те місце покладено прах митрополита Сильвестра Сембратовича. Ще вісім знайдених трун було замуровано в одному з кутів крипти.
1932 року археолог Ярослав Пастернак, на прохання Митрополичої Консисторської комісії, провів перші археологічні дослідження крипти. Результати досліджень значно привідкрили таємниці Святоюрського підземелля. Матеріали досліджень широко висвітлювалися в тогочасних виданнях.
Ярослав Пастернак обстежив долівку крипти й виявив у ній п’ять невідомих поховань, а також знайшов домовину Никифора Шептицького. Дослідник провів декілька зондажів у стінах, проте жодних ходів та нових підземель не виявив.
У 1944 р. крипта прийняла на спочинок Блаженної пам’яті Митрополита Андрея Шептицького. У повоєнні роки собор був захоплений РПЦ, тому 1958 р. у крипті поховано архиєпископа Фотія.
У зв’язку з перенесенням у 1992 році останків Патріарха Йосифа Сліпого з Риму до Львова для перепоховання їх у підземеллі Собору Святого Юра, постало питання про впорядкування крипти.
13 листопада 1991 року Археологічна комісія НТШ у Львові приступила до повторних археологічних досліджень крипти, які проводились протягом чотирьох місяців і завершились 13 березня 1992 року.
Окрім п’яти поховань, які виявив Ярослав Пастернак, у долівці крипти знайдено ще два. Одне з них датується 1781 роком. З окремого замурованого приміщення вилучено ще дев’ять трун з останками. Серед них – труна Никифора Шептицького із зображенням його герба, датована 1776 роком, і труна невідомого, датована 1764 роком. Останки понад 50 осіб, що зберігались у кістниці до 1958 року, знайдено вкопаними в долівку крипти.
Варта уваги дерев’яна скринька з останками галицького князя Ярослава Осмомисла, захована Ярославом Пастернаком у крипті собору.
У результаті археологічних досліджень виявлено цілий ряд унікальних речей церковного вжитку ХVІІ-ХІХ ст., а саме – дерев’яні та бронзові нагрудні хрести, розп’яття зі слонової кістки, медальйони, вервиці, пряжки, деталі церковного одягу, тощо. Цікавою знахідкою виявився омофор, датований 1635 роком, з монограмою «ІКІБ» та гербом «САС». Він належав, ймовірно, Ісаї Копистинському, Митрополитові Київському, Галицькому і всієї Русі.
Однак, переважна більшість поховань залишаються для нас невідомими.
Є інформація інша, щодо ігумена Святоюрського монастиря Діонісія Сінкевича 1732 р. На жаль, його останки втрачено.
5 липня 1776 р. помер Никифор Шептицький, ігумен-номінат монастиря святого Онуфрія ЧСВВ у Лаврові. Похований у крипті собору Св. Юра у Львові.
27 серпня 1992 р. в одну з аркасолей Собору Святого Юра повторно перепоховано знайдені тлінні останки галицького князя Ярослава Осмомисла.
Ярослав, син Володимирка, якого автор «Слова о полку Ігоревім» називає Осмомислом, князював у Галичі з 1153 по 1187 року. Його правління було добою політичної могутності й культурного розвитку Галицької держави. Князь Ярослав Осмомисл підтримував дружні взаємини із сусідніми державами, мав зв’язок із Візантією та Священною Римською імперією. За часів Ярослава Осмомисла було споруджено величний собор Успення Пресвятої Богородиці в Галичі та інші храми. Князь Ярослав відомий як князь-миролюбець. За час його правління на терені Галицького князівства протягом 30 років не велося жодних воєн, поставали нові містечка. Князь Осьмомисл займався шкільництвом і збором великих бібліотек, а за дар передбачливості дістав назву Осьмомисл (осмо – вісім, мисл – думка). Згідно з «Іпатіївським літописом» Ярослав Осмомисл був похований 1 жовтня 1187 р. у соборі Успення Пресвятої Богородиці старого Галича.
У 1937 р. Я. Пастернак, досліджуючи фундаменти Успенського собору в Галичі, знайшов саркофаг з останками князя. Напередодні Другої світової війни, 31 серпня 1939 р, дослідник таємно заховав останки Ярослава Осмомисла в крипті Собору Святого Юра у Львові. Місцезнаходження останків князя було виявлено 14 листопада 1991 р. під час археологічних досліджень крипти.