У Львові три храми і два монастирі, можливо, княжої фундації, були віднесені принаймні до середини ХІІІ ст.: церква св. Миколая. Церква св. Феодора Тірона, Церква Воскресіння Христового та монастирі св. Онуфрія і св. Архістратига Михаїла. Низка грамот (у тому числі й фальсифікатів) кн. Лева, облятованих у судових книгах під час боротьби за поновлення та збереження прав і привілеїв кафедри у XV-XVII ст. засвідчує збереження в середовищі місцевого духовенства, шляхти та міщан пам’яті про князівські фундаційні традиції.
За переданням, підтвердженим свідченням однієї з фальсифікованих грамот Лева Даниловича від 8 жовтня 1292 р., особливою опікою великокняжого двору користувалася найдавніша відома львівська церква св. Миколая Мир Ликійських Чудотворця, яка могла бути заснованою ще Данилом Романовичем. Саме вона була головним княжим храмом, від якого вів прямий шлях до Високого Замку – княжої резиденції. Анонімний львівський православний хроніст XVII ст. (автор “Життєписів львівських єпископів грецького обряду”), аргументуючи давнє існування єпархії, вважав, що “ще до того як, місто Львів було приєднане до Польщі, єпископи у Львові мали кафедру, що з Галицькою складала єдине тіло митрополії”. Фундації князя Лева для Галицької “митрополії” автор порівнював із земельними наданнями митрополії Київської. Невірно тлумачений зміст княжих грамот (автор вважав, що на той час вже існувала Галицька митрополія, тому згадки про єпископа, “а не митрополита”, як сам наголошував, відносив виключно до львівського архієрея) став підставою для категоричних висновків хроніста про визначення центру єпархії. Описуючи скарби, вивезені зі Львова польським королем Казимиром ІІІ (1333-1370) у 1340 р., хроніст львівських єпископів, очевидно, за викладом польського історика XV ст. Яна Длугоша, згадав про “дві золоті корони, рясно оздоблені перлинами”, які були використані у якості ще одного аргументу на користь зазначеної тези. “Отож, із згаданого привілею церкви святого Миколая як [припускаємо існування] єпископа, так допускаємо, що з тих корон одна могла бути архієрейською митрою, друга – князівською. Такі великі неоціненні скарби у місті, як і слава столиці Руського князівства, [дозволяють ствердити], що Львівська земля поряд з іншими правами мала і єпископство”. Таким чином, у другій половині XVІІ ст. давній львівський княжий храм вважався навіть колишнім кафедральним собором.
Джерела та дослідження сучасних істориків не підтверджують існування на той час окремої православної архієрейської кафедри у Львові. Хоча не виглядає неправдоподібним припущення про можливість короткочасного перебування у Львові галицьких митрополитів у XІV ст., а отже й перебування та служіння їх у Свято-Миколаївській церкві. Логіка такого „тяжіння” кафедри до Львова була пов’язана із занепадом Галича після монголо-татарських руйнувань. В актових джерелах церква систематично згадується вже з XV ст. (найдавніша згадка – 1445 р.). Під 1453 р., львівську церкву св. Миколая згадав у своєму „Потрійному Львові” райця та хроніст Бартоломей Зіморович. З давніх часів, як свідчить дарчий запис братству Миколаївської церкви Тимофія Висоцького від 18 вересня 1608 р., церкві належали „численні поля, сіножаті, городи, сади, пасіки, криниці, болота, дворища, ділянки, двори на тих ґрунтах побудовані з людьми осілими, з їх повинностями, чиншами, податками і з іншими всякими прибутками і пожитками”. У 1536 р. львівський староста Станіслав Одровонж надав храму ліс між селами Знесінням і Кривчицями („через Горб до верху Холмець”). У 1544 р., окрім королівського підтвердження власності, церква отримала від Сигізмунда I ще право закласти там пасіку і луг. Королівським декретом 1 квітня 1544 р. було підтверджене також звільнення храму від сплати податків. А в 1543 р. (грамота короля Сигізмунда І від 10 березня) настоятель храму о. Стефан був звільнений від юрисдикції замкового суду (ґродського уряду) – церковні землі отримали статус юридики. Це означало, що відтепер церква отримувала право збирати чинш для себе і держави, а також здійснювати суд у цивільних та кримінальних справах на підвладних землях. Щоправда, докладні матеріали про діяльність юридики збереглися лише з XVII ст. Але процес формування церковного землеволодіння та юридичні особливості надань спричинили появу суперечок і конфліктів між сусідніми парафіями і міщанами за право власності на певні ділянки. Так, у 1537 р. король Сигізмунд І підтвердив права сусідньої зі Свято-Миколаївською церкви св. Феодора на парафіяльні землі вздовж р. Полтви. Відкликаючись до давніших надань, претензії на них висловлював тодішній настоятель церкви св. Миколая Стефан. Ця суперечка розглядалася навіть у королівській канцелярії. У 1544 р. львівський владика Макарій (Тучапський) з перемишльським єпископом Лаврентієм здійснили розподіл парафіяльних земель, припиняючи конфлікт між священиками. 16 березня король підтвердив розподіл та визначені межі. Важливу роль духовенство та православна громада церкви св. Миколая відіграли у період боротьби львівського міщанства за становлення архієрейської кафедри у Львові. Коли 1539 р. перший львівський єпископ Макарій (Тучапський) почав забезпечувати організацію колегіальних органів церковної адміністрації, Свято-Миколаївські священики намагалися поновити свій „вищий”, опертий на місцеву традицію, статус. 16 листопада 1539 р. владика Макарій, звертаючись до давніх соборних традицій служіння священиків видав грамоту про утворення при Львівській кафедрі крилосу. Священики-крилошани – члени крилосу, були зобов‘язані допомагати архієреєві в усіх єпархіальних справах, засідали разом з ним у духовному суді, приймаючи спільні рішення. За відсутності владики крилос міг стати його заступником. У єпархії було збережено також посаду намісника (генерального намісника) – духовної особи, що мала бути обраною крилошанами і отримати благословення владики. Серед перших крилошан єпископа Макарія був і священик церкви св. Миколая о. Стефан. До обов’язків намісника входив, передусім, нагляд за парафіяльним духовенством, станом церков. Намісники мали право суду над духовенством, а іноді розглядали справи мирян. Окрім звичайних прибутків священика, намісники користувалися ще додатковим правом отримання грошових надходжень.
Джерела не дозволяють докладно відтворити систему їх матеріального забезпечення, але державний податок намісники сплачували удвічі більший, ніж звичайні настоятелі. Заснований разом з єпархією крилос упродовж XVI ст. залишався важливим чинником єпископської адміністрації та забезпечення канонічної дисципліни у кафедральному місті. Львівським намісником традиційно призначався найбільш авторитетний священнослужитель, або представник найбільш шанованого храму. Якщо в другій половині XVI ст. намісниками призначалися настоятелі Успенської, Благовіщенської чи інших церков, то перше десятиліття від заснування кафедри, зберегло надзвичайно цікавий епізод, який засвідчив збереження давньої традиції княжого Львова. З проханням про затвердження уставу братства при церкві св. Миколая (1544 р.) до єпископа Макарія звернувся священик Стефан “з громадою парафії святого отця Николая і з інших парафій”. Таким чином, грамота, надана братству, підкреслювала важливість згаданої події для усіх передміщан, а не лише парафіян цієї церкви. У контексті ж описаної вище суперечки про межі земель Свято-Миколаївської та Свято-Феодорівської парафій цього ж року виявляється, що згаданий священик Стефан не визнавав обраного настоятеля церкви св. Феодора намісником і погодився лише після прийняття рішення єпископами. Тому видається можливим висловити припущення про особливий статус княжого храму, священнослужителі та парафіяни якого цілком реально претендували на збереження “привілейованого” стану і надалі. Тривале перебування єпархії без єпископської опіки (від початку XV ст. до 1539 р.) не залишилося без наслідків для духовного життя православних громад на галицьких землях.
Неможливість отримати рішення духовного суду та єпископський вирок чи розрішення спричинила руйнацію традиційних ієрархічних стосунків у єпархії. Величезна територія унеможливлювала постійне звертання до одного із сусідніх архієреїв, а самовільне перебрання ряду компетенцій державними урядниками (старостами) не лише не викликало різкого опору чи незадоволення, але стало цілком “зручним” розв’язанням проблеми на кілька десятиліть. Загроза повного підпорядкування латинській ієрархії, а згодом і становлення архієрейської кафедри та всіх відповідних церковно-адміністративних установ, призвели до визнання необхідності юрисдикції та канонічного впливу владики. Конфлікти на парафіях та у монастирях стали виявом наслідків впливу патрональних прав на церковне життя. Підтримка шляхтою опозиційних єпископам рухів ускладнювала останнім можливості встановлення канонічної дисципліни на місцях. Невисокий загалом рівень освіти, моральний розклад частини призначуваного з ласки патронів духовенства, не сприяли подоланню кризи у єпархії. Відновлення соборноправницьких традицій церкви, що почалося уже в першій половині XVI ст. для духовенства і мирян стало головним засобом повернення до витоків та джерел церковної організації. Саме тому, уже перший львівський єпископ Макарій особливої уваги надавав реорганізації парафіяльних зібрань мирян в активні церковні братства. Дотримання норм християнської моралі не лише у храмі, але і в щоденному побуті, регулярні обов’язкові сповіді та причастя, спільна боротьба із злиденністю та хворобами, а згодом і опіка над освітою – головні постулати, закладені в усі братські устави XVI ст. Не випадково, укладення уставу у Львові – центрі найбільшої західної єпархії Київської митрополії, стало зразком для послідовних запозичень іншими містами Речі Посполитої. Так, 18 лютого 1544 р. підтвердження уставу було надано братству церкви св. Миколая. Владика визнав, що громади розпочали важливу справу: “слушнои а доброе річи жадают, которая ест напред Господу Богу ку чти и хвалі мила и годна и его святымъ угодником”. Братчики, прославляючи Спасителя, Пресвяту Богородицю та Святителя і Чудотворця Миколая, у рядках свого першого уставу висловили готовність до дій заради “душевнаго спасенія и телеснаго здравия”. Документ був підписаний у присутності отців-крилошан (намісника Захарії, настоятеля церкви св. Феодора, успенського священика Нестора, богоявленського Антонія, благовіщенського Фоми, Григорія з церкви Воскресіння) і представників української шляхти. Під час перебування у Львові в 1586 р. святійший патріарх антіохійський Йоахим IV (Доу) (1582-1592) також благословив діяльність Свято-Миколаївського братства, що засвідчує зроблений пізніше напис грецькою мовою у верхній частині грамоти владики Макарія: “Ίωακειμ ελέω θεου πατριάρχης της μεγάλης θεου πόλεως Άντιοχείας καί πασης Άνατολης”. Упродовж XVII ст. церква св. Миколая була одним із найголовніших православних осередків Львова. У 1623 р. храм зазнав пошкоджень від пожежі, а впродовж 1669-1701 р. був відбудований, що засвідчене відповідним написом на арці головної нави. Упродовж століть храм зазнавав не лише природних знищень та руйнувань, але й був свідком численних ворожих нападів та набігів. У джерелах зберігся навіть один комічний епізод, який стався під час татарського нападу на Львів у лютому 1691 р. – хтось із військових, які обороняли місто, захопив у полон татарина, і, продовжуючи бій, прив’язав його шнуром від дзвону в церкві св. Миколая. Так, поки тривав бій, полонений постійно „бив на сполох”. У 1776 р. до храму було добудовано захристію, а після пожежі 1800 р. з храму знято ґонтове покриття і зведено дві бані, криті бляхою. Навіть після кількох перебудов, церква все ж зберегла головні риси давньої українсько-візантійської архітектури – план грецького хреста, центральний купол. Подібні до львівської Свято-Миколаївської церкви сакральні споруди були характерні також для теренів Істрії та Далматії. На жаль, не зберігся й давній іконостас церкви, який згорів 1783 р. З іконографічних пам’яток про духовне життя давнього православного Львова нагадують Ікона Пресвятої Богородиці Одигітрії сер. XVII ст., образ св. Феодора Тірона цього ж часу, перенесений з неіснуючої на сьогодні сусідньої парафіяльної церкви. Особливо у храмі вшановується образ св. Миколая та чудотворні мощі святого, давні різьблені дерев’яні хрести. У 1921 р. до Львова переїхав відомий український художник-імпресіоніст, захоплений мистецькими традиціями неовізантинізму, Петро Холодний (1876-1930). Період його творчої діяльності у місті знайшов відображення в окремих фрескових розписах церкви св. Миколая. Сучасний іконостас був виготовлений у псевдовізантійському стилі у 1947-1949 рр., стінні розписи – 1955-1957 рр. У 1990 р. розписи храму були відреставровані. Церква св. Миколая Чудотворця у Львові є безцінною перлиною української духовності багатьох століть і поколінь, хранителем автентичних княжих традицій та соборного духу Святого Православ’я. Мабуть щось містично-символічне є й у тому, що саме священик церкви св. Миколая і сьогодні є благочинним м. Львова.